Wie Transkriptionsfaktoren spezifisch DNA binden haben Forschende der Universität Bielefeld am 12. November im Fachmagazin Nature Communications beschrieben und heute der Öffentlichkeit vorgestellt. Demnach ließen sich bestimmte, wiederkehrende Muster in der DNA erkennen, die einen Einfluss auf die Bindung eines Transkriptionsfaktors in den untersuchten Arabidopsis-Pflanzen zu haben schienen. „Die räumliche Struktur der DNA war für uns die Erklärung, warum ein Transkriptionsfaktor nicht an alle identischen Basenfolgen bindt, sondern nur an ganz bestimmten Stellen“, erklärt Biologie-Professorin Dr. Andrea Bräutigam. Für ihre Forschung analysierten die Mitglieder der Arbeitsgruppe zunächst die 3D-Struktur der DNA der Pflanze und die Basenfolgen, an denen Transkriptionsfaktoren binden. „Wir haben uns nicht nur bestimmte Basenmotive angeguckt, also sich wiederholende Abfolgen der Basenpaare in der DNA, sondern auch auf ihre Struktur im Raum geachtet“, sagt Janik Sielemann, Erstautor der Studie und Doktorand in der Arbeitsgruppe. Dazu hatten sie durch maschinelles Lernen ein Modell entwickelt, mit dem sie Vorhersagen treffen können, welche Proteine wo binden werden.
Quelle: Uni Bielefeld