Um die Auswirkungen des Klimawandels konkret erfahrbar zu machen, haben Forscher*innen der TH Köln und der Universität zu Köln gemeinsam mit Studierenden eine technische Lösung entwickelt, mit der Experimente durchgeführt und die Ergebnisse mithilfe einer Software visualisiert werden können. Die entwickelte Software ist nach Projektende als Open Educational Resource frei nutzbar und kann zum Beispiel in der Lehre eingesetzt werden. „Unser gemeinsamer Ansatz war es, die Auswirkungen von Dürren und Überflutungen auf Pflanzenwachstum und Biodiversität anschaulich darzustellen. Durch problemorientiertes Lernen haben wir den Studierenden die Zusammenhänge vermittelt, so dass sie selbst Experimente planen und durchführen konnten. Dazu fand ein interdisziplinärer Austausch zwischen Studierenden aus den Fachbereichen Biologie und Ingenieurwissenschaften statt“, erklärt Prof. Dr. Marcel Bucher vom Institut für Pflanzenwissenschaften der Universität zu Köln. Die Plattform mit Informationen zu den Experimenten ist bei der Uni Köln frei zugänglich: https://innobiodiv.uni-koeln.de/

Quelle: TH Köln

Die Genbank des Leibniz-Instituts für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) hat für 200.000 Akzessionen sogenannte Digital Object Identifiers (DOI) vergeben, um die Datenbestände ihres Genbankmaterials eindeutig zu kennzeichnen. „Die Identifikation von Genbankmustern wurde weltweit sehr unterschiedlich gehandhabt. Das stellte eine große Herausforderung dar“, erklärt Dr. Stephan Weise, Leiter der Arbeitsgruppe Genbankdokumentation (DOK) am IPK. Die Vergabe einer DOI wird künftig auch Bestandteil der Neuaufnahme von Akzessionen in die Genbank des IPK sein. Damit kann die eindeutige Identifizierbarkeit über Generationen hinweg abgesichert werden, und es wird darüber hinaus möglich, die Nutzung der Akzessionen nachzuvollziehen.

Quelle: IPK (pdf)

Mikrobielle Gemeinschaften verraten einiges über den Zustand der Böden. Über diese Biodiversität wird auf genetischer Ebene rund um den Globus sehr viel geforscht, doch nicht immer lassen sich die Forschungsergebnisse von Dritten optimal nutzen. Der Grund: Die Informationen sind in verschiedenen Datenbanken gesammelt und unterschiedlich gut erfasst. Forscher*innen des Helmholtz-Zentrums für Umweltforschung (UFZ) haben nun eine neue Metadaten-Datenbank für terrestrische Metagenome mit mehr als 15.000 Datensätzen aufgebaut (siehe: webapp.ufz.de/tmdb), die Wissenschaftler*innen weltweit die Arbeit erleichtern wird. Das schreiben sie im Fachblatt Nucleic Acids Research (DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkz994).

Quelle: UFZ

Pflanzen können Sonnenlicht mit hoher Effizienz in chemische Energie umwandeln. Wie sie das im Detail schaffen, ist bis heute nicht ganz geklärt. Daher haben PhysikerInnen der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich (ETH Zürich) nun ein quantenphysikalisches Modell gebaut, das diese Frage beantworten soll, und im Fachjournal Nature Communications vorgestellt. Auf der einen Seite prägen quantenphysikalische Effekte die Prozesse der Photosynthese, auf der andern Seite läuft die Photosynthese in einem wässrigen und warmen Umfeld ab, in dem die Regeln der klassischen Physik gelten. Gerade in diesem scheinbaren Widerspruch könnte jedoch der Schlüssel verborgen liegen: Mehrere theoretische Modelle stützen die Vermutung, dass just das Zusammenspiel dieser zwei Welten die hohe Effizienz der Photosynthese erklärt. Ob das tatsächlich so ist, ließ sich bisher experimentell jedoch nicht überprüfen. Genau diese Lücke hat Anton Potočnik, Postdoc in der Gruppe von Andreas Wallraff am Quantum Device Lab des Departements Physik nun zusammen mit Arno Bargerbos und seinen Forscherkollegen geschlossen. Mit ihrer Versuchsanordnung lassen sich die verschiedenen theoretischen Modelle experimentell verifizieren.
Quelle: ETH Zürich

Die Werkzeugkiste der Pflanzenzüchter hat sich in den vergangenen Jahrzehnten stark erweitert. Tausende Jahre lang betrachteten Züchter „äußere“ Merkmale ihrer Pflanzen. Heute prägt der Blick ins Erbgut – die Genomforschung und die Biotechnologie – die Innovationen in der modernen Pflanzenzüchtung. Dieses Dossier der Plattform Bioökonomie stellt die wichtigsten Werkzeuge kompakt und allgemeinverständlich vor. Videos runden das Angebot ab.
Quelle: Bioökonomie.de

Ein neues Open Source-Programm ermöglicht es Form und Größe von Pflanzenzellen zu vermessen. Das Programm mit dem Namen PaCeQuant (von Pavement Cell Quantification) erfasst automatisch spezifische Parameter von mehreren hundert Blattepidermis-Zellen gleichzeitig. Es baut auf bereits genutzte Bildanalyseprogramme auf. Die Pflanzenforscherin Katharina Bürstenbinder vom Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie (IPB) hat es gemeinsam Informatikerinnen der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg entwickelt und in der Fachzeitschrift Plant Physiology veröffentlicht. Für die Entwicklung von PaCeQuant haben die Wissenschaftlerinnen 27 verschiedene Parameter festgelegt, die die Form einer Zelle bestimmen und berechenbar machen. Diese Parameter, wie Zellumfang, Anzahl und Größe der Ausstülpungen, Zellfläche mit und ohne Ausstülpungen werden von PaCeQuant anhand von definierten Messpunkten automatisch erkannt und berechnet.
Quelle: Katharina Bürstenbinder, IPB

An der Universität in Halle an der Saale haben Forschende ein Toolkit mit vorgefertigten Vektoren entwickelt, um CRISPR/Cas9-Konstrukte schnell designen und in Pflanzen einbringen zu können. Das Laborjournal gibt einen Überlick in seiner online-Ausgabe.

Das Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) in Gatersleben macht erstmals eine umfängliche Bilddatensammlung zur Erforschung von Pflanzenarchitektur und -wachstum öffentlich verfügbar. Die veröffentlichten Daten wurden im Rahmen sogenannter Phänotypisierungsexperimente in Form von Bildaufnahmen erhoben. Wie das IPK meldet, sei diese Form der Veröffentlichung von Forschungsdaten etwas Neues, denn hier stünde der Wert der sehr umfangreichen Daten selbst im Vordergrund, sowie ihre nachgewiesene Validität und ihre nach anerkannten Standards dokumentierte Form. Auf diese Weise wird eine öffentliche Verfügbarkeit der in der Onlinezeitschrift Scientific Data publizierten Daten für weiterführende Analysen sichergestellt.
Quelle: IPK (pdf)

Forschende haben eine neue Software namens Naive Bayesian Classifier entwickelt, die die Suche und Identifizierung pflanzlicher MicroRNA erleichtern soll. Im Fachmagazin The Plant Journal beschreiben sie ihr neues Werkzeug für die Charakterisierung der kurzen RNA-Sequenzen, die als Regulationsmoleküle wirken. Das Portal Pflanzenforschung stellt das von Kalifornischen und Taiwanesischen Forschern entwickelte Werkzeug vor.
Quelle: Pflanzenforschung.de

Der technologische Fortschritt bei der DNA-Analyse hat die Wissenschaft revolutioniert. Noch nie war es leichter und günstiger, Sequenzanalysen durchzuführen. Doch damit steht die Wissenschaft vor einem neuen Problem: Speicherung und Verarbeitung der Sequenzierungsdaten hinken hinterher. Einen Lösungsweg sehen Forscher in der „Compressive Genomics“, die geschickte Komprimierung von Rohdaten ohne Informationsverlust. Das Portal Pflanzenforschung stellt eines der neuen Werkzeuge namens CORA vor.
Quelle: Pflanzenforschung.de

Der statistische p-Wert wird häufig verwendet, um das Ergebnis einer wissenschaftlichen Untersuchung zu bewerten. Viele Biologen, Psychologen oder Mediziner verwenden ihn, aber die meisten würden ihn damit missbrauchen und verstünden ihn nicht. Das leitet der Biostatistiker Servan Grüninger im Campus-Blog der Neuen Zürcher Zeitung her. Auch die American Statistical Association (ASA) kritisiert den leichtfertigen Umgang mit der Statistik. Der verständliche und mit vielen Links versehene Artikel erläutert, was der p-Wert ist, wie man ihn klug anwendet und dass er keine Interpretation für Forschungserbnisse ist, sondern dass er selbst einer Interpretation bedarf.
Quelle: NZZCampus

CRISPR: „Damit ändert sich in der Gentechnik alles“, titelte das Wissenschaftsmagazin Nature im Sommer. Mit diesem völlig neuen Verfahren ist es nun möglich, das Erbgut von Organismen „umzuschreiben“ – viel präziser, schneller und einfacher als mit der klassischen Gentechnik. In der Grundlagenforschung wird CRISPR schon länger eingesetzt. Aber nun steht es an der Schwelle erster praktischer Anwendungen – vor allem in der Medizin, aber bald wohl auch in der Tier- und Pflanzenzüchtung. Das Portal Transgen stellt die Technik vor, die das Ändern der arteigenen Gene ermöglicht, und erklärt, warum das Verfahren keine Gentechnik im klassischen Sinn ist.
Quelle: Transgen

In zwei Artikeln hat Dr. Mary Williams im Blog der Amerikanischen Gesellschaft für Pflanzenwissenschaften ASPB zusammengefasst, wie Pflanzenwissenschaftler Twitter am besten nutzen können, wenn sie mit dem Kurznachrichtendienst von Konferenzen berichten möchten. Im ersten Artikel schildert die Redakteurin des Fachjournals The Plant Cell wie Twitter funktioniert. Im zweiten gibt sie Tipps, wie Organisatoren, Redner und Teilnehmer Twitter anwenden können und was die verschiedenen Twitterer beachten sollten. Abschließend zitiert sie weitere Informationsquellen zum Thema Twitter.

erster Artikel im ASPB Blog (Twitter allgemein)

zweiter Artikel im ASPB Blog (conference tweeting)

Ein Modul zur Pflanzenbeleuchtung mit UV-B-LEDs stellt das Ferdinand-Braun-Institut, Leibniz-Institut für Höchstfrequenztechnik (FBH), auf der Fachmesse „Laser World of Photonics“ in München vom 22. bis 25. Juni 2015 vor. Es ermöglicht die Bestrahlung mit UV-B-Licht einer spezifischen Wellenlänge. In diesem Fall werden LEDs bei Wellenlängen um 310 nm genutzt, um die Produktion gesundheitsfördernder sekundärer Pflanzenstoffe in bestimmten Gewächsen anzuregen. Die Beleuchtungsintensität kann dazu flexibel zwischen 0 und 100% eingestellt werden. Das neuartige Verfahren wurde in Experimenten am Leibniz-Institut für Gemüse- und Zierpflanzenbau (IGZ e.V.) erfolgreich getestet. Ein Ausstellungsmodul ist am Messestand zu sehen. Das meldet der Forschungsverbund Berlin (FVB), zu dem das Leibniz Institut gehört.
Quelle: FVB

Forschende des Senckenberg Biodiversität und Klima Forschungszentrum in Frankfurt haben gemeinsam mit Kollegen von der Yale-Universität und weiteren Institutionen die Smartphone-App „Map of Life“ (MOL) entwickelt. Die Anwendung erlaubt es mit dem Mobiltelefon Arten zu erkennen, die Umgebung auf Tier- oder Pflanzenarten zu überprüfen sowie eigene Beobachtungen zu dokumentieren und zu teilen. Die App funktioniert auf der ganzen Welt und ist zum kostenlosen Download veröffentlicht.
Quelle: Senckenberg

Vier europäische Forschungseinrichtungen haben am 6. Mai 2015 eine Onlineplattform veröffentlicht, die erstmals Informationen und Ergebnisse aus der Süßwasserökosystemforschung bündelt. Die Freshwater Information Platform stellt Daten und Kartensysteme frei zugänglich zur Verfügung und soll neue Forschungsansätze auf diesem Gebiet anregen. Sie bietet damit eine einzigartige und umfassende Wissensgrundlage für ein nachhaltiges und evidenzbasiertes Management unserer bedrohten Binnengewässer und der Ressourcen, die sie bereitstellen. Das meldet der Forschungsverbund Berlin.
Quelle: Forschungsverbund

Für zahlreiche Fragestellungen müssen Forscher die dreidimensionale Struktur der Proteine kennen. Die neue Datenbank "Aquaria" ermöglicht nun einen schnellen und umfassenden Einblick. Um Experimente zu planen oder Antikörper herzustellen, ist es für Forschende wichtig, so viele Informationen über die Proteine zur Verfügung zu haben wie möglich. Zwar sind viele Daten vorhanden. "Die Suche nach Proteinstrukturen war allerdings bisher mühsam und erforderte Expertenwissen", erklärt Andrea Schafferhans vom Lehrstuhl für Bioinformatik der Technischen Universität München. Gemeinsam mit Dr. Seán O'Donoghue, Wissenschaftler am Garvan Institute of Medical Research in Syndey sowie an der CSIRO, entwickelte sie daher die Datenbank. "In Aquaria sind bereits alle Daten aufbereitet", sagt Schafferhans. Ihre Ergebnisse publizierten sie im Fachmagazin Nature Methods.
Quelle: TU München

2012 ging die weltweit nutzbare Recherchedatenbank PestinfoWiki für Forschende, Studierende und Fachleute online. „Dies war für die Verbreitung der Datenbank mit inzwischen fast 130.000 Publikationen aus den Bereichen Pflanzenschutz und Schädlingsbekämpfung der richtige Schritt, da sie jetzt wesentlich stärker genutzt wird. Sie ermöglicht außerdem, dass sich die Experten weltweit einfach und rasch austauschen und vernetzen können,“ sagte Prof. Dr. Stefan Vidal auf der 59. Deutschen Pflanzenschutztagung in Freiburg. Vidal von der Universität Göttingen ist der aktuelle Präsident des Vereins International Society for Pest Information e.V. (ISPI), der das Portal seit dem Jahr 2001 betreibt. Darüber berichtet der Veranstalter der Tagung, das Julius-Kühn-Institut (JKI).
Quelle: JKI
direkt zum Pestinfo-Wiki

Botaniker des Senckenberg Forschungsinstitutes in Frankfurt haben einen Online-Fotoführer für afrikanische Pflanzen ins Leben gerufen. Derzeit befinden sich in der Datenbank für Forschende und Laien über 25.000 Bilder von etwa 3.200 Pflanzenarten. „Bestimmungsliteratur ist in Afrika aber leider Mangelware. Illustrierte Feldführer gibt es bis auf wenige Ausnahmen nur für das südliche Afrika. Digitale Quellen dagegen sind weltweit verfügbar, auch in Afrika“, sagt Dr. Stefan Dressler von der Abteilung Botanik und molekulare Evolutionsforschung am Senckenberg Forschungsinstitut in Frankfurt. Der Frankfurter Botaniker hat deswegen gemeinsam mit seinen Kollegen Dr. Marco Schmidt und Prof. Dr. Georg Zizka einen Online-Fotoführer für afrikanische Pflanzen entwickelt. African Plants – A Photo Guide erlaubt die Suche nach wissenschaftlichen sowie Volksnamen, „aber auch nach 18 verschiedenen Merkmalen wie Blütenfarbe, Form der Früchte oder Anordnung der Blätter“, erklärt Dr. Schmidt.
Quelle: Senckenberg

Wie der Verband Biologie, Biowissenschaften und Biomedizin e.V. (VBIO) meldet, geht heute das Berliner Start-Up ScienceOpen mit mehr als 1 Million Fachbeiträgen aus der Forschung online. ScienceOpen ist eine Kombination aus sozialem Netzwerk, Blog und einer Publikations-Plattform für Forschende aller Disziplinen. Statt lange auf das Erscheinen eines Beitrags in einer gedruckten Fachzeitschrift zu warten, können Forscher nun direkt online publizieren. Doktoranden und Nachwuchswissenschaftler publizieren bis Ende des Jahres sogar umsonst. Andere Wissenschaftler können diese Beiträge sofort lesen und wie in einem Blog kommentieren und bewerten, was bisher nicht möglich war. Für Bibliotheken bedeutet dieser uneingeschränkte Open Access-Zugang zu den Ergebnissen staatlich geförderter Forschung die Einsparung teurer Zeitschriften-Abonnements.

Quellen: VBIO

ScienceOpen

In ihrer gemeinsamen Pressemitteilung des Bundesministeriums für Umwelt, Naturschutz, Bau und Reaktorsicherheit (BMUB) und Bundesamt für Naturschutz (BfN) teilen diese mit, dass das Online-Portal VegetWeb 2.0 nun abrufbar ist. Es enthält künftig Informationen über Pflanzenarten, ihre Standorte und ihren Lebensraum. Die bisher teilweise nur lokal vorhandenen Daten zur Vegetation werden dazu in einem deutschlandweiten Portal zusammengeführt und erweitert.
Quelle: BfN

Das ERA-Net BiodivERsA hat eine Datenbank veröffentlicht, in der die durchgeführten Forschungsaktivitäten in Europa zu Biodiversität und damit verbundenen Ökosystemleistungen recherchiert werden können. Die Datenbank enthält Informationen zu Förderprogrammen, damit verbundenen Bekanntmachungen sowie den geförderten Projekten. Die Datenbank enthält außerdem Informationen zu den beteiligten Forschungseinrichtungen, weiteren Organisationen und Forschern. Die Nutzung der Datenbank ist kostenlos, eine Anmeldung ist verpflichtend, berichtet das Netzwerkforum zur Biodiversitätsforschung in Deutschland (NeFo) auf seiner Website Biodiversity.

Quellen: Biodiversity.de

Datenbank

Um den Schutz und das Management von Binnengewässern nachhaltig zu unterstützen, wurde heute der erste Online-Atlas zur Biodiversität in Flüssen, Seen und Feuchtgebieten veröffentlicht. Die wissenschaftliche Informationsplattform wurde unter Federführung des Leibniz-Instituts für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB) in enger Zusammenarbeit von zwölf internationalen Forschungsinstitutionen und zahlreichen NGOs geschaffen. Der Atlas ist frei verfügbar und wird der Öffentlichkeit im Rahmen des Water Lives Symposiums in Brüssel präsentiert, wo Forschende und politische EntscheidungsträgerInnen gemeinsam über den Erhalt der Biodiversität in Süßgewässern diskutieren.
Quelle: IGB