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Europäischer Referenz-Genom Atlas: Wer macht mit?

Arnica montana gehört aktuell zu den für den Europäischen Referenz-Genom Atlas sequenzierten Pflanzenarten. Foto: Katja Reichel. *** Arnica montana is one of the plant species currently being sequenced for the European Reference Genome Atlas. Photo: Katja Reichel

Sie arbeiten an Referenzgenomen für europäische Pflanzenarten? Dann könnten auch Sie der Europäische Referenz-Genom Atlas (ERGA) voranbringen: ERGA (European Reference Genome Atlas) ist die Europäische Tochterinitiative des Earth Biogenome Project (EBP) und hat das Ziel, hochaufgelöste Referenzgenome für alle eukaryontischen Organismen der Erde zu erstellen. Die Mitgliedschaft ist kostenfrei. Engagement in ERGA ist i.d.R. ehrenamtlich. Darüber hinaus möchte ERGA Wissen teilen und vermehren, sowie Infrastruktur, Standards und Leitlinien für das Erstellen von Referenzgenomen etablieren, die den gesamten Prozess von Probennahme und Dokumentation über Sequenzierung, Assembly und Genom-basierte Datenanalyse umfassen. Auch Referenzgenome, die unabhängig von ERGA erstellt wurden oder werden, können in den Atlas eingehen. Um sich aktiv zu engagieren, kann man ERGA als Einzelperson beitreten, an einem ERGA plenary meeting teilnehmen (jeden dritten Montag im Monat um 15 Uhr über Zoom), in der keybase-Chatgruppe schreiben und/oder einem der ERGA committees beitreten, indem man eine E-Mail an dieses sendet. Wer ERGA als Einzelperson beitreten möchte, nutze bitte das Formular der Website.

Weitere Details schildert Dr. Katja Reichel (details also provided in English language -> please scroll down the page)

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please see English Version below
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ERGA ist die Europäische Tochterinitiative des Earth Biogenome Project (EBP), welches sich zum Ziel gesetzt hat, hochaufgelöste Referenzgenome für alle eukaryontischen Organismen der Erde zu erstellen. Im Gegensatz zu anderen großen Genom-Sequenzierungsprogrammen Isr ERGA eine von seinen Mitgliedern demokratisch und auf Augenhöhe organisierte Gruppe, in der die meisten europäischen Länder ebenso wie (ohne besondere Leitungsfunktion) mehrere nationale Sequenzierzentren vertreten sind. Die Mitgliedschaft ist kostenfrei und jedes Engagement in der Regel ehrenamtlich, da ERGA über die finanziellen Mittel verfügt, die es einzeln oder in Gemeinschaft einwirbt, wie z.B. im derzeit laufenden Biodiversity Genomics Europe (BGE) Projekt. Darüber hinaus möchte ERGA sein Wissen teilen und vermehren, sowie Infrastruktur, Standards und Leitlinien für das Erstellen von Referenzgenomen etablieren, die den gesamten Prozess von Probennahme und Dokumentation über Sequenzierung, Assembly und Genom-basierter Datenanalyse umfassen.

Wenn Sie ERGA als Einzelperson beitreten möchten, nutzen Sie dazu bitte das Formular auf der Webseite. Um sich aktiv zu engagieren, können Sie einfach an einem ERGA plenary meeting (jeden dritten Montag im Monat um 15 Uhr über Zoom) teilnehmen, in der keybase-Chatgruppe schreiben und/oder einem der ERGA committees beitreten, indem sie eine E-Mail an dieses senden. Die Komitees sind Gruppen von Mitgliedern, die sich entweder für einen spezifischen Schritt im Prozess (z.B. Assembly, Annotation) oder ein übergreifendes Thema (z.B. Gerechtigkeit, Gleichbehandlung, Diversität und Inklusion oder IT-Infrastruktur) interessieren. Auch Referenzgenome, die unabhängig von ERGA erstellt wurden oder werden, können in den Atlas eingehen: Nach aktuellem Stand werden dafür lediglich die Dokumentation (u.a. Sammelkoordinaten, Voucher, Genehmigungen; siehe ERGA sample manifest) und die Qualität des Assemblies (ERGA assembly reportEAR) überprüft. Größere lokale oder nationale Projekte, die Referenzgenome mehrerer in Europa heimischer oder etablierter Arten erstellen möchten, können ERGA als assoziierte Projekte beitreten, bitte kontaktieren Sie dafür das ERGA-Leitungsgremium. Es ist auch möglich, für eigene Forschungsanträge zur Referenzgenom-Sequenzierung ein Unterstützungsschreiben von ERGA zu erhalten – anstatt sie auszubremsen oder zu blockieren, möchten wir kleinere Sequenzierprojekte gern fördern und doppelte Arbeit vermeiden. Um mehr über ERGA zu erfahren, kann man ERGA auch auf X oder LinkedIn folgen.

Helfen Sie mit beim Erstellen von Referenzgenomen in Europa!

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ERGA is the European node of the Earth Biogenome Project (EBP), which aims to establish high-quality reference genomes for all eukaryotic organisms. In contrast to other large-scale reference genome sequencing initiatives, ERGA is a democratic, bottom-up organised group of peers, which has members in most European countries and includes (but is not primarily run by) representatives of several national sequencing centres. Participation is free and contribution mostly on a voluntary basis, since ERGA does not have funding except for what they attract as individuals or by communal effort, e.g. as for the recent Biodiversity Genomics Europe (BGE) project. Beyond that, ERGA aims to share and thereby increase knowledge, as well as establish infrastructure, standards and best practices for reference genome projects, all the way from sample collection and documentation through sequencing, assembly and annotation to genome-based data analysis. You may also learn more about ERGA's work by following them on X or LinkedIn.

If you would like to join ERGA as an individual, please do so through the ERGA website. Becoming an active member usually starts with joining an ERGA plenary meeting (every third Monday of a month at 15:00 CET on Zoom), joining discussions in one of the channels in their keybase group and/or joining an ERGA committee, i.e. a group of people interested either in a specific step of the genome generation process (e.g. assembly, annotation) or in an overarching topic (e.g. justice, equity, diversity and inclusion or IT infrastructure), by sending them an email. You may also contribute reference-quality genomes you obtained, or are obtaining, independently from ERGA: Currently this means they will undergo a documentation (e.g. collection coordinates, vouchers, permits; see ERGA sample manifest) and an assembly quality (ERGA assembly report = EAR) check before becoming part of the atlas. Larger-scale local / national sequencing projects targeting reference genomes for many species native or naturalised in Europe can join ERGA as affiliate projects, please contact the ERGA executive board about this. It is also possible to get a letter of support from ERGA for your grant application for reference genome sequencing – rather than to block or delay, we wish to assist smaller-scale sequencing projects and to avoid duplicate effort. Please join forces with us to promote reference genome sequencing in Europe!

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October 2024, Dr. Katja Reichel (FU Berlin), https://www.bcp.fu-berlin.de/biologie/arbeitsgruppen/botanik/ag_borsch/personen/Postdocs/reichel/index.html

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