09. Oct 2015 Actualia (engl.) · Conference Report

Junge Sequenzforscher und Phylogenetiker in Klausur im Schwarzwald

About 60 young scientists discussed methods, opportunities and limits of Next Generation Sequencing (please click to enlarge). Photo: BFSS 2015
How partcipants evaluated the meeting (please click to enlarge). Graph: BFSS 2015

To see the (Black) Forest for the trees: Black Forest Summer School (BFSS) 2015 on NGS data for phylogenetics (14. bis 17. September 2015)

Sorry in German only:

Die Möglichkeiten, Methoden und Grenzen des Next Generation Sequencing (NGS) diskutierten Mitte September angehende Phylogentikerinnen und Phlogenetiker im Schwarzwald. Die Summer School thematisierte dabei weniger das Programmieren selbst sondern stellte vor, wie existierende Bioinformatik-Tools die tägliche Laborroutine unterstützen können. Geladene Sprecher und Vorlesungen informierten über NGS und Phylogenie, warum man Pro- und Eukaryoten in NGS-Studien unterscheiden muss und welche Art von Analysen mit NGS Methoden machbar sind. Der Tagungsbericht des Organisators, Professor Stefan Rensing, schildert Themen und Highlights, nennt die ausgezeichneten Nachwuchskräfte und deren Arbeiten und hat das persönliche Feedback derjenigen Teilnehmenden eingeholt, die ein Reisestipendium erhalten hatten.

Im Fokus der Summer School standen diverse Methoden und Verfahren des NGS. Fünf der etwa 60 Teilnehmenden hatten die Gelegenheit einen Kurzvortrag zu präsentieren, die meisten stellten ihre Arbeit als Poster vor. Die vorgestellten Themen reichten von Mutantenanalysen in Modellorganismen über Biodiversitätsforschung mittels aktueller Sequenzmethoden bis zu phylogenetischen Analysen.

Preise für Poster und Vorträge gingen nach Köln, Bochum und Frankfurt

Die Nachwuchskräfte kamen vorwiegend aus Deutschland, aber auch aus der Schweiz, dem United Kingdom, Norwegen, Portugal, Frankreich, der Türkei, Slowakei und sogar aus dem Iran und aus Kanada. Der Preis für die besten Poster gingen an:

  • Sebastian Hess aus Köln für seinen Beitrag "Molecular mechanisms during food acquisition and gliding locomotion in viridiraptorid amoeboflagellates - a transcriptomic study of Orciraptor agilis (Cercozoa, Rhizaria)",
  • Dominik Terfehr aus Bochum für seinen Beitrag „Uncovering the cephalosporin C precursor metabolism of Acremonium chrysogenum using functional genomics“
  • Stefan Simm aus Frankfurt für seinen Beitrag "The composition of the cyanobacterial core- and pan-genomes".

Den Preis für den besten Vortrag erhielt Tobias Gabriel aus Köln für seinen Beitrag "Computational and Genetic Analysis of Perennialism in Arabis alpina".

Viel Zeit für wissenschaftlichen Austausch

Durch die Unterstützung der Tagung seitens der DBG erhielten vier NachwuchswissenschaftlerInnen Reisestipendien. Ihnen gefiel an der Sommerschule besonders:

  • „I would characterize poster sessions as very successful; there were a lot of discussions about and around the posters. During the BFSS 2015 I found answers on many of my questions. As it usually happens with good scientific events I got even more additional questions to look for answers now.” (Nataliya Rybalka, Göttingen)
  • „As a first year master student, I really appreciated the explanations of different stages in the process of NGS data generation.“ (Stina Krsmanovic, Tromsö, Norwegen)
  • „[..], a perfect place to forget about daily and mundane preoccupations and dedicate one’s mind to the acquisition of new scientific skills. The summer school was extremely well organized.” (Sergio Munoz, Halifax, Kanada).
  • „I was also able to speak further to some of the speakers and to get a lot of advices as well as methods and tools to analyse my own data and that will help me to complete further my work and plan my future experiments.” (Sonia Pereira, Instituto Gulbenkian de Ciencia, Portugal)

Eine Besonderheit dieser Tagung war sicherlich die räumliche Abgeschlossenheit in der Natur des Hochschwarzwaldes, die viel Gelegenheit zur Interaktion bot. Auch der Tagungsort im Leistungszentrum Herzogenhorn fand großen Zuspruch. Der intensive wissenschaftliche Austausch fand nicht nur unter den Teilnehmenden statt, sondern auch mit den eingeladenen Sprechern und den Firmenvertretern. Das komplette Programm und die Abstracts können auf der Website der Summer School eingesehen werden.

Was mit NGS möglich wird

Ein Glanzlicht war der eingeladene Vortrag von Korbinian Schneeberger über “Co-occurrence of transposon activity and lack of symmetric CG methylation in the genome of a close relative of Arabidopsis”. Hier bekamen die Teilnehmer einen Eindruck, welche Art von Analysen mit NGS Methoden machbar sind. Die insgesamt sieben Workshops mit eingeladenen Sprechern über NGS und Phylogenie fanden bei den Teilnehmenden großen Anklang und umfassten die Themen Datenprozessierung, „mapping“, Metagenom- und Netzwerkanalysen, RNA-seq, Phylogenie und SNPs. Zudem erfuhren die Teilnehmenden in drei einführenden Vorlesungen weiteres über die Erstellung von NGS Daten und die assoziierte Terminologie, über die Unterschiede von Pro- und Eukaryoten im Bezug auf NGS, und über Prinzipien der molekularen Phylogenie.

Fazit

Die Evaluation der Tagung ergab, dass die Teilnehmenden mit dem wissenschaftlichen Inhalt und dem Austausch mit anderen Forschern sehr zufrieden waren; auch die Workshops und Poster Sessions wurden als sehr gut bewertet. Der Tagungsort und das Umfeld wurden ebenfalls sehr positiv bewertet (siehe Abbildung). Aufgrund des großen Erfolges (die Sommerschule war bereits sechs Wochen vor Ende der Registrierung ausgebucht) wird es sicherlich eine Fortsetzung dieser Art von Sommerschule geben.

Marburg, im Oktober 2015

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