02. Juli 2012 · Actualia · Tagungsbericht

RNA-Seq Workshop

Im Mai trafen sich 36 Nachwuchswissenschaftler von 22 Universitäten um an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf den ersten RNA-Seq Workshop in vier praktischen Sessions und zwei Vorlesungsblöcken die Grundlagen der bioinformatischen Analyse zu erlernen. Ein Workshop-Bericht von Professor Dr. Andreas Weber

Angesichts der steigenden Bedeutung von "Next Generation Sequencing" Technologien für die Pflanzenwissenschaften fand vom 23. bis 25. Mai der erste RNA-Seq Workshop in Düsseldorf statt. Dank der Unterstützung durch die DFG, die DBG, die GBM, das Schwerpunktprogramm SPP1529, Roche und CLC bio konnte der Workshop kostenlos angeboten werden. Ausgewählt aus über sechzig Bewerbungen trafen sich 36 Nachwuchswissenschaftler von 22 Universitäten in Düsseldorf, um in vier praktischen Sessions und zwei Vorlesungsblöcken die Grundlagen der bioinformatischen Analyse zu erlernen. 70% der Teilnehmer hatten vor dem Workshop keinerlei Erfahrung mit Linux oder mit Programmiersprachen. Nachdem in der ersten Session mit Linux, Perl und R die Grundlagen gelegt wurden, konnten im Folgenden die Bereiche Assembly, Alignment & Quantification und Extraktion biologischer Information betrachtet werden. Die praktische Anleitung wurde komplementiert durch Vorlesungen von Prof. Alice McHardy (Metagenomics), Dr. Jens Georg (RNA-Seq in Cyanobakteria), Prof. Eric Schranz (Genome Assembly), Prof. Björn Usadel (RobiNA platform), Dr. Korbinian Schneeberger (Mapping by NGS), CLC bio (the CLC analysis platform for NGS) und Dr. Udo Gowik (RNA-seq in planta).

Neben der Arbeit am PC und den Vorlesungen blieb noch Zeit für gemeinsame Diskussionen über laufende und zukünftige Projekte, vor allem beim gemeinsamen Barbecue in der Orangerie des botanischen Gartens Düsseldorf.

In der Onlineumfrage nach Abschluss des Workshops ergab sich ein sehr positives Feedback (siehe Abb.): Alle Rückläufer der Umfrage fanden den Workshop nützlich. Während etwa die Hälfte Teilnehmer sich mehr Zeit für die praktischen Teile wünschten, würden über 95% den Workshop ihren Kollegen weiterempfehlen. Sowohl der praktische Teil wie auch die Vorlesungen bekamen durchweg gute bis sehr gute Noten.

Düsseldorf, im Juli 2012, Professor Dr. Andreas Weber, Biochemie der Pflanzen, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf

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Programm (pdf-Datei)


In der Befragung zeigten sich die Teilnehmenden überaus zufrieden. Quelle: RNA-Seq