06. Oktober 2016 · Actualia · Tagungsbericht

Internationale Summer School: Sequenzierung, Bioinformatik und Phylogenie

Mehr als 60 junge Sequenzforscher und Phylogenetiker kamen vom 13. bis 16. September 2016 im Hochschwarzwald zusammen. Nach dem Motto "To see the (Black) Forest for the trees: Black Forest Summer School 2016 on NGS data for phylogenetics” erfuhren und diskutierten sie, wie existierende Bioinformatik-Tools die tägliche Laborroutine bei Sequenzierungsaufgaben unterstützen können, welche Stolpersteine es gibt und was die Arbeit erleichtern kann. Organisator Professor Dr. Stefan Rensing von der Uni Marburg berichtet über die von der DBG geförderte Summer School und stellt die ausgezeichneten Poster wie Vorträge vor.

Während der internationalen Black Forest Summer School (BFSS) im Schwarzwald bildeten sich Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler in Vorträgen und Workshops in der angewandten Bioinformatik weiter. Im Fokus standen diverse Methoden und Verfahren des Next Generation Sequencing (NGS). Fünf der 67 Teilnehmenden hatten die Gelegenheit einen Kurzvortrag zu präsentieren, die meisten stellten ihre Arbeit als Poster vor. Die vorgestellten Themen reichten von Mutantenanalysen in Modellorganismen über Biodiversitätsforschung mittels aktueller Sequenzmethoden bis zu phylogenetischen Analysen.

Preise gingen nach Boulder, Baton Rouge, Kopenhagen, Bern und Marburg

Die Nachwuchskräfte kamen zur Hälfte aus Deutschland, und aus der Schweiz, Österreich, Belgien, Frankreich, Italien, Tschechien, dem United Kingdom, Israel, Schweden, Portugal, Russland, der Türkei, Ägypten und den USA. Die Preise für die besten Poster gingen an:

  • Jörg Hummerjohann aus Bern für seinen Beitrag "Heat-resistant Escherichia coli as a potential persistent reservoir of plasmids encoding extended-spectrum ß-lactamases and Shiga toxin-encoding phages in dairy",
  • Vandasue Rodrigues aus Kopenhagen für ihren Beitrag „Identification of novel components in MicroProtein signaling“ und
  • Manuel Hiß aus Marburg für seinen Beitrag "A closer look at the Physcomitrella patens ‘Reute‘ strain".

Die Preise für die besten Vorträge erhielten

  • Lindsey Dougherty aus Boulder für ihren Beitrag "Phylogenetic analysis of a unique flashing display in the ‘disco‘ clam, Ctenoides ales" und
    Metha Klock aus Baton Rouge für ihren Vortrag “Provenance of rhizobial symbionts is similar for invasive and non-invasive acacias”.

Viel Zeit für wissenschaftlichen Austausch

Durch die Unterstützung der Tagung seitens der DBG erhielten drei Nachwuchswissenschaftlerinnen Reisestipendien. Ihnen gefiel an der Sommerschule besonders:

  • „In general, I think the program was very well chosen and the sessions were nicely complementing each other to give us participants an overview of all important aspects in working with NGS data. In that sense I think the Black Forest Summer School is a very good place to be if one wants to start working on genomes, transcriptomes and phylogeny out of NGS data.” (Andrea Sölllinger, Wien)
  • „Overall, the most useful component of the summer school for me was the opportunity to network, so that I may ask for feedback and insight into my ongoing project. I am incredibly grateful for this opportunity.“ (Lindsey Dougherty, Boulder/Colorado)
  • „I found the lectures and workshops delivered by Dr. Stefan Rensing to be particularly useful and applicable to my research. His lectures provided a comprehensive overview of NGS and phylogenetics, and were geared to individuals newer to the discipline, such as myself.” (Metha Klock, Baton Rouge/Louisina).

Eine Besonderheit dieser Tagung war sicherlich die räumliche Abgeschlossenheit in der Natur des Hochschwarzwaldes, die viel Gelegenheit zur Interaktion bot. Auch der Tagungsort im Leistungszentrum Herzogenhorn fand großen Zuspruch. Der intensive wissenschaftliche Austausch fand nicht nur unter den Teilnehmenden statt, sondern auch mit den eingeladenen Sprechern und den Firmenvertretern.

Breite Einführung in die Sequenzforschung

Die insgesamt acht Workshops und Vorlesungen mit eingeladenen Sprechern über NGS und Phylogenie fanden bei den Teilnehmenden großen Anklang und umfassten die Themen Datenprozessierung, „mapping“, Assemblierung und Annotation, RNA-seq, Phylogenie und SNPs. Zudem erfuhren die Teilnehmenden in fünf einführenden Vorlesungen weiteres über die Erstellung von NGS Daten und die assoziierte Terminologie, über Technologien für lange Leseweiten, über die Galaxy Platform und über Prinzipien der molekularen Phylogenie. Das komplette Programm und die Abstracts können auf der Website [2] eingesehen werden.

Fazit

Die Evaluation der Tagung ergab, dass die Teilnehmenden mit dem wissenschaftlichen Inhalt und dem Austausch mit anderen Forschern sehr zufrieden waren; auch die Workshops und Poster Sessions wurden als sehr gut bewertet. Der Tagungsort und das Umfeld wurden ebenfalls sehr positiv bewertet (siehe Abbildung 1). Aufgrund des großen Erfolges der letzten beiden Veranstaltungen wird es sicherlich eine Fortsetzung dieser Art von Sommerschule geben.

Marburg, Oktober 2016


Zu den Vorträgen und Workshops fanden sich die Teilnehmenden in der Turnhalle des Leistungszentrums Herzogenhorn zusammen. Foto: BFSS 2016
Evaluation der Tagung durch die Teilnehmenden. Grafik: BFSS 2016 (zum Vergrößern bitte anklicken)